Eurofins
Zoeken

Om één van onze white papers te downloaden vragen wij u om uw e-mailadres op te geven. 

Profiling in de microbiologie, het toepassen van whole genome sequencing

Het inzetten van DNA profilering is inmiddels een bekende techniek in het opsporen van fraude in producten. Denk bijvoorbeeld aan de bijmenging van paardenvlees aan rundergehakt of het bepalen van de juiste vissoort. Dit is inmiddels eenvoudig op te sporen met een species test. Minder bekend is dat DNA profilering ook steeds meer wordt toegepast in de microbiologie. Hoe en waarom dit ingezet kan worden lichten we hieronder toe.

Oorzaak analyse
Het kwaliteitssysteem vraagt bij een overschrijding van de norm een oorzaak analyse en daarbij wil je zelf natuurlijk ook weten hoe een besmetting in de toekomst voorkomen kan worden. Maar waar begin je met zoeken en wanneer weet je ook zeker dat je de juiste bron te pakken hebt? En hoe kun je voorkomen dat de hele hooiberg moet uitpluizen? Op het juiste punt beginnen scheelt je een boel tijd (en geld).

DNA profiel
Neem nu Listeria monocytogenes. Niet elke Listeria monocytogenes stam is hetzelfde (vergelijk het maar met mensen, die verschillen onderling ook van elkaar). Die verschillen zijn vastgelegd in de DNA-sequentie van elke stam. Door DNA-sequenties van 2 stammen met elkaar te vergelijken kan afgeleid worden hoe nauw verwant ze aan elkaar zijn.

Als het nakomelingen betreft van bijvoorbeeld een bacterie die zich in een productieruimte heeft weten te nestelen dat kan men er op deze manier achter komen of nieuwe isolaten af stammen van deze bacterie.Op deze manier kan bijvoorbeeld dus ook achterhaald worden of een Listeria die uit een patiënt met Listeriose geïsoleerd is van dezelfde bron afkomstig als een ander Listeria isolaat, dat bijvoorbeeld van besmet voedsel geïsoleerd is. Het tegenovergestelde is natuurlijk ook mogelijk; je kunt ook uitsluiten dat een ziekteverwekker hetzelfde is als een isolaat dat op een product aangetroffen is.

 

Voor producenten kan het interessant zijn om te achterhalen of bacteriën die in de fabriek aangetroffen worden steeds van de dezelfde bron afkomstig zijn of dat die op verschillende manieren in de fabriek terecht gekomen zijn. Ook kan op deze manier een link gelegd worden tussen de besmettingsbron zoals bijv. een grondstof en de bacterie die in een eindproduct aangetroffen is.

Op basis hiervan kunnen gerichtere maatregelen getroffen worden.

Technieken
Een relatief goedkope manier om isolaten met elkaar te vergelijken is de MLVA/MLST techniek, waarbij na vermenigvuldiging door PCR de DNA streng wordt geanalyseerd en vergeleken met referentie DNA uit een publieke database. Hieruit volgt dan een percentage overeenkomst. Om deze techniek te kunnen gebruiken moet al wel bekend zijn om welke soort bacterie/stam het gaat voordat de deze DNA analyse kan worden uitgevoerd.

Tegenwoordig wordt er echter steeds vaker besloten om het de sequentie van het volledige genoom van een bacterie te bepalen; “Whole Genome Sequence (WGS)”. Deze kan vervolgens vergeleken met de genoom sequentie van andere stammen waarvoor deze bepaald is zodat bijvoorbeeld in crisissituatie duidelijk wordt or er een verband is of niet.

Bewaren isolaten
Meestal bewaren laboratoria de stammen van positieve monsters, maar uiteraard is het goed om na te vragen bij u lab welke service zij hiervoor bieden. Wanneer u meer wilt weten over DNA technieken, het vergelijken van stammen of troubleshooting bij calamiteiten kunt u ook contact opnemen met de experts van Eurofins Food Safety Solutions.

Bel hiervoor 088 8310330 of mail ons, foodsafetysolutions@eurofins.com